Journal Club: High-definition spatial transcriptomics for in situ tissue profiling
Dr. sc. Sanja Vicković s Instituta Broad, velikog istraživačkog centra Sveučilišta MIT i Harvard, sa suradnicima je razvila i opisala metodu naziva HDST (eng. high definition spatial transcriptomics). Metoda omogućuje istovremenu analizu prostorne organizacije i molekularnih karakteristika stanica u normalnim, ali i oboljelim tkivima. Ispitana je na olfaktornom bulbusu mozga i primarnom karcinomu dojke, a u usporedbi s ostalim metodama koje su razvijene u slične svrhe HDST je više rezolucije, daje potpunije informacije i visoko-specifične signale čija je interpretacija moguća uz pomoć računala.
Iako je RNA sekvenciranje pojedinačnih stanica već ranije omogućilo uvid u molekularne karakteristike stanica, tkiva je bilo nužno podijeliti u pojedinačne stanice pri čemu izostaju informacije o njihovoj originalnoj lokaciji u tkivu.
Kombinacijom RNA sekvenciranja pojedinačnih stanica i dodjeljivanjem jedinstvenog „barkoda“ svakom zrncu jažice u koju se secirano tkivo nanosi, podaci dobiveni RNA sekvenciranjem pojedinačnih stanica spajaju se s točnim položajem te stanice u tkivu. Dodatno, kombinacijom metode s mikroskopskom analizom tkiva obojenog hematoksilinom i eozinom, moguće je bioinformatičkom analizom dobiti precizne informacije o različitim dijelovima tkiva i tipovima stanica koji se u njemu nalaze.
Mikroskopska slika sekcije tkiva tumora dojke (lijevo) i mapa 13 morfoloških područja istog tkiva dobivenih HDST metodom (desno). Desno od slika navedene su boje koje označavaju pojedinu vrstu tkiva unutar tumora. Preuzeto i prilagođeno iz Vicković et al., 2019.
Rad je objavljen u časopisu Nature Methods, a dostupan je i u open access verziji. Osim što izgleda kao umjetničko djelo, razvijena metoda ima velik potencijal korištenja u dijagnostici i liječenju raznih bolesti, a rezultat je zajedničkog rada laboratorija Instituta Broad u suradnji sa Sveučilištima MIT i Harvard (USA) i KTH Kraljevskog instituta za tehnologiju (Švedska).
